Công việc quyết toán thuế có ảnh hưởng quan trọng đến tài chính và hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp. Những sai sót trong công tác chuẩn bị số liệu và giải trình quyết toán thuế có thể dẫn đến những khoản truy thu thuế lớn, rủi ro, những mức phạt ảnh hưởng đến quá trình hoạt động của doanh nghiệp. Ngược lại, việc tuân thủ đúng luật định và quyết toán thuế thuận lợi sẽ mang lại những hiệu quả rõ rệt từ lợi ích từ nghĩa vụ thuế đến các hoạt động kinh doanh của đơn vị.